Кафедра хірургії № 3 Полтавського державного медичного університету (до 2011 року - кафедра хірургічних хвороб) була заснована в 1938 році при Харківському медичному стоматологічному інституті.
Предмет хірургії з 1921 по 1931 рр. студенти одонтологічного факультету Харківської медичного інституту вивчали на різних хірургічних кафедрах, оскільки в період організації стоматологічного інституту самостійної кафедри не існувало.
З 1932 року курс хірургічних хівороб у стоматологічному інституті читав дійсний член АМН СРСР професор А.В. Мельников.
В 1938 році на базі курсу була організована кафедра Хірургічних хвороб при Харківському медичному стоматологічному інституті, яку очолив проф. Вороной Ю.Н., та керував нею до 1944 р. З 1944 р. кафедру очолював заслужений діяч науки СРСР проф. Горчаков А.К. У роки Великої Вітчизняної війни кафедра хірургічних хвороб у складі Харківського медичного стоматологічного інституту була евакуйована в м. Фрунзе, де її співробітники проводили лікувально-консультативну роботу з надання медичної допомоги пораненим профільних госпіталів.
Тривалий час (з 1950 по 1968 p.) кафедрою керував проф. Гуревич Г.M., який у роки війни обіймав посаду головного хірурга військ Південно-Західного, Північно-Кавказького, Сталінградського, Південного та Прибалтійського фронтів. У 1968 році згідно інститут (нині «ПДМУ») переведено до м. Полтави і з 1968р. по 1975 р. кафедрою керував проф. Дяченко П.К.,
Клінічними базами кафедри спочатку були: хірургічні відділення ІV міської лікарні та Полтавської обласної лікарні, а з 1983 року кафедра базується в хірургічному відділенні І-ї МКЛ.
проф. А.К. Горчаков
проф. Г.М. Гуревич
проф. П.К. Дяченко
З серпня 1975 по 1996 рік кафедру очолював проф. Шаманов А.Х., з 1996 р. по 2006 р. – видатний вітчизняний вчений-хірург проф. Лисенко Б.П. З 2006 по 2008 рік кафедрою керував проф. Шейко В. Д., з 2008 по 2019 роки проф. Малик С.В.. У різні часи на кафедрі працювали такі видатні науковці та лікарі як: Козирев Г.М., к.мед.н. Дубинський М.В., доц. Кузнецов А.А. доц. Байдо В.П., проф., Чумак П.Я. доц. Петрушова Л.Д. та ін.
Шаманов Аубикир Хизирович – професор, д.мед.наук очолював кафедру з 1975 по 1996 рік. Був учнем великого лікаря та науковця Шалімова О.О. Розробляв питання оперативних втручань на підшлунковій залозі жовчному міхурі та жовчних шляхах, стравоході, шлунку, дванадцятипалій кишці, займався проблемами торакальної хірургії. Залишив після себе плеяду талановитих лікарів-хірургів та науковців: Козирев Г. М., Шейко В.Д., Дубинський М.В., Кузнецов А.А., Челішвілі А.Л., Шумейко В.М., Петрушова Л.Д та ін.
Лисенко Борис Пилипович (22.11.1939, с.Круподеринці Оржицького. р-ну Полтавської. обл.) – лікар-хірург. Закінчів Харківський медичний інститут в 1967 році, з 1967 по 1971 pp. працював районним хірургом у ЦРЛ м. Кобеляки, з 1971 по 1974 pік навчався в аспірантурі при Київському медичному інституті, в 1974 році захистив кандидатську дисертацію "Зміни білкового спектру і складу амінокислот у хворих з гострим панкреатитом та холецистопанкреатитом". Із 1981 по 1983 pp. працював хірургом у Народній республіці Мозамбік під час громадянської війни. Захистив докторську дисертацію "Діагностика, тактика і хірургічне лікування торакальних і абдомінальних пошкоджень" (1996). На протязі тривалого часу був деканом медичного факультету інституту, потім академії. Протягом 1996 – 2006 рр. завідував кафедрою хірургічних хвороб. З 2006-2013 – проф. каф. хірургії № 3. Напрямок наукових досліджень: діагностика та лікування торакоабдомінальних уражень, невідкладної хірургічної патології, великих та рецидивних післяопераційних вентральних гриж в осіб, які страждають ожирінням. Залишив за собою хірургічну школу у обличчі: Шейко В.Д., Ксьонза І.В. Малика С.В., Лисенко Р.Б., Капустянського Д.В., та ін.
Шейко Володимир Дмитрович - Закінчив лікувальний факультет ПМСІ у 1991 році, в 1993 р. - клінічну ординатуру, 1996 р. - аспірантуру з хірургії. Кандидатська дисертація: «Оптимізація хірургічної профілактики неспроможності кукси дванадцятипалої кишки після резекції шлунку при ускладнених постбульбарних виразках» (1996), докторська дисертація: «Прогнозування та профілактика поліорганної недостатності у постраждалих з поєднаними торакальними і абдомінальними пошкодженнями при політравмі» (2003). З 1996 по 2006 рік асистент, потім доцент кафедри хірургічних хвороб, з З 2008 року очолює кафедру хірургії № 2. Автор більше 300 наукових праць. Підготував 7 кандидатів медичних наук. Науковий напрямок роботи: хірургія пошкоджень, лапароскопічна хірургія, удосконалення методів діагностики та лікування шлунково-кишкових кровотеч, гострого панкреатиту, великих післяопераційних вентральних гриж, баріатрична хірургія.
Малик Сергій Васильович – доктор медичних наук, професор кафедри. Закінчив лікувальний факультет ПМСІ в 1994 році, з 1998 р. - асистент кафедри. В 1998 р. захистив кандидатську дисертацію "Жовчний перитоніт: клініка, діагностика, хірургічне лікування", а у 2007 році – докторську дисертацію на тему: "Комплексне лікування обтураційної жовтяниці з урахуванням реабілітаційних можливостей органів гепатопанкреатобіліарної зони". З 2003 р. – доцент, з 2007 р. – професор кафедри хірургії №3. З 2009 по 2019 рік очолював кафедру хірургії №3 Української медичної стоматологічної академії. З січня 2019 по січень 2020 - знаходився на службі в лавах ЗСУ. З січня 2020 року - професор кафедри.
Згідно наказу МОЗ України від 12 листопада 1991р. кафедра хірургічних хвороб (нині хірургії №3) Української медичної стоматологічної академії (нині ПДМУ) затверджена опорною серед однопрофільних кафедр стоматологічних факультетів медичних вишів України.
У 2011 році кафедру хірургічних хвороб з травматологією та ортопедією було реорганізовано у кафедру хірургії №3 таким чином відокремивши курс травматології та ортопедії (який увійшов до складу кафедри Дитячої хірургії з травматологією та ортопедією). У 2022 році згідно відповідності до вимог освітнього процесу та реорганізації кафедр у ПДМУ, курс травматології та ортопедії був знов приєднаний до кафедри Хірургії №3, у 2023 році згідно даних вимог до кафедри приєднались співробітники кафедри загальної хірургії з доглядом за хворими.
Таким чином на кафедрі, під керівництвом проф., д.мед наук. Панасенко С.І., який очолив кафедру у 2019 році, працюють проф. д.мед. н. Малик С.В. проф. д.мед.н. Лігоненко О.В, доц., к.мед.н. Челішвілі А.Л, доц. к.мед.н. Пелипенко О.В., доц., к мед н Чорна І.О., доц., к.мед.н. Драбовський В.С, доц. к.мед.н. Павленко С.М., доц. к.мед.н. Зубаха А.Б., доц. к.мед.н. Шумейко І.А., доц. к.мед.н. Стороженко О.В., доц. к.мед.н. Рибалка Я.В., ас., к.мед.н. Осіпов О.С., ас., к.мед.н. Безручко М.В., ас. к.мед.н. Півень Ю.М., ас., доктор філософії Чіп Є.Е, ас. Ковальов О.С., ас., доктор філософії Кононенко С.В., ас. Ярошенко Р.А., аспірант Кербаж Нізар Ріда.
На кафедрі виконано та захищено 9 докторських та 32 кандидатські дисертації, надруковано 1211 наукових робіт у фахових закордонних та вітчизняних журналах.